Причиной кишечных инфекций могут быть микроорганизмы различных групп:
• бактерии (стафилококк, синегнойная палочка, клостридии, клебсиеллы, протей, сальмонелла, шигелла и другие);
• вирусы. Являются возбудителями ротавируса, норовируса, астровируса, энтеровируса, коронавируса, аденовируса, реовируса;
• грибы (кандида, криптококк, бластомицеты и другие);
• протозойные паразиты. Являются возбудителями таких кишечных инфекций, как лямблиоз, амебиаз, балантидиаз, саркоцистоз.

Практически все возбудители кишечных инфекций отличаются очень высокой устойчивостью. Например, возбудители паратифов и брюшного тифа остаются жизнеспособными в молоке более 2 месяцев, в воде ещё дольше. Микробы дизентерии в молоке могут жить и размножаться на протяжении 7 дней, а в речной воде — 35 дней. Вирусы сохраняют жизнеспособность на различных предметах от 10 до 30 дней, а в фекалиях — более полугода.