Основным источником инфекции является больной человек, в некоторых случаях животные. От животных можно заразиться сальмонеллезом, псевдотуберкулезом, кишечным иерсиниозом, лямблиозом. Наибольшую опасность представляет здоровый носитель и тот, у кого заболевание протекает в стертой форме, при которой больной не подозревает о заболевании.
В большинстве случаев в организм человека возбудители кишечных инфекций попадают через рот. Передача возбудителей может происходить через пищевые продукты, предметы обихода, грязные руки, а также при заглатывании воды во время купания в открытых водоемах. Например, дизентерия может начаться при употреблении воды из-под крана, некипяченого молока; кишечная палочка может попасть в организм с просроченным кисломолочным продуктом; сальмонеллезом можно заразиться, употребив в пищу зараженные продукты, такие как куриное мясо и яйца, плохо промытые водой овощи и зелень. Наиболее опасны выделения больного, они содержат наибольшее количество возбудителей.
Для вирусных инфекций, кроме пищевого пути передачи, характерен воздушно-капельный способ заражения.
В передаче некоторых инфекций имеют значение насекомые (тараканы, мухи) и грызуны.