К развитию осложнений предрасположены дети раннего возраста, лица с хроническими заболеваниями. Осложнения зависят от возбудителя. Несвоевременное обращение за медицинской помощью повышает риск смертельного исхода заболевания. По данным ВОЗ кишечные инфекции входят в число десяти основных причин смерти. Самая высокая летальность при ботулизме, уровень достигает 30-60%.

Наиболее частым осложнением является обезвоживание, которое у детей может привести к летальному исходу.

Токсины некоторых инфекций приводят к инфекционно-токсическому шоку, при котором наблюдается жар, падение уровня артериального давления, ухудшение гемодинамики, нарушение сознания и полиорганная недостаточность.

К наиболее опасным осложнениям кишечных инфекций следует отнести хирургические: перитонит, кишечная инвагинация, непроходимость, кровотечение, парез кишечника и другие. Из других осложнений после перенесенной кишечной инфекции следует назвать: панкреатит, дискинезию желчевыводящих путей, нарушение микрофлоры (так называемый дисбактериоз), нарушение переваривания пищи, функциональные запоры, лактазную недостаточность.